Donnie Darko, zaman yolculuğu ve paralel evren temalarını işleyen, karmaşık bir hikayeye sahip bir filmdir. Filmin anlatmak istedikleri arasında şunlar yer alır: Gençlik psikolojisi ve toplumu: Film, rahatsız edici bir dille gençlik psikolojisini ve toplumu işler. Kader ve kadercilik: Filmde ağır bir kadercilik anlayışı hakimdir. Gerçeklik algısı: Gerçeklik adını verdiğimiz tutsaklığın farkında olan insanları ve bu farkındalığın getirdiği umut ile cesareti işler. Organize inanç ve düşünce sistemlerinin eleştirisi: Film, bazı inanç ve düşünce sistemlerinin tutsaklaştırıcı yönünü eleştirir. Filmin anlamı ve mesajı, izleyiciye bırakılmıştır; çünkü film çok yönlü ve üstü kapalı bir anlatıma sahiptir.