"Donnie Darko" filmi, 16 yaşındaki Donnie Darko adlı bir gencin yaşadığı gizemli olayları ve bu olayların onun hayatı üzerindeki etkilerini anlatır. Filmin temel konuları arasında zaman yolculuğu, paralel evrenler, gerçeklik sorgulaması ve kaderin doğası yer alır. Ayrıca, filmde din, aşk, fedakarlık, seks ve ruh sağlığı gibi temalar da işlenir.