Dede Korkut yazmalarının farklı olmasının birkaç nedeni vardır: Müstensih hataları: Yazmaları kopyalayan kişilerin yaptığı yazım yanlışları ve tasarruflar, metinlerde farklılıklara yol açmıştır. Anlatıcı farklılıkları: Bazı araştırmacılar, Dresden ve Vatikan nüshalarının ortak bir dip nüshaya dayandığını düşünürken, diğerleri farklı anlatıcılardan ayrı ayrı derlenmiş olabileceklerini belirtmektedir. Eksik sayfalar: Bazı yazmaların (örneğin, Günbed yazmasının ilk sayfası) eksik olması, metinlerde yer değiştirmelere ve belirsizliklere neden olmuştur. Dil ve içerik farklılıkları: Yazmalar arasında, özellikle Günbed yazmasında, şekil ve içerik yönünden birçok farklı özellik bulunmaktadır.