Chandra Nandini, Hintli savaşçı imparator Chandragupta Maurya'nın, en büyük düşmanının kızı olan Nandini ile olan karmaşık aşk hikayesini konu alır. Hikaye, antik Hint krallığı Magadh'ın arka planında, siyasi entrikalar ve kişisel ilişkiler çerçevesinde gelişir. Dizide, Chandragupta'nın Nandini ile evlenmesi ve zamanla aralarında bir sevginin doğması işlenir. Ayrıca, Nanda ve Seleucus'un Chandragupta'ya saldırı planları, Chandragupta'nın ikinci eşi Durdhara'nın zehirlenmesi ve Nandini'nin banlanması gibi olaylar da dizinin önemli dönüm noktaları arasındadır.