"Bulutları Beklerken" filmi, 1. Dünya Savaşı sonrası Osmanlı ordusunun Karadeniz'deki Rum köylerini boşaltması sırasında yaşanan olayları anlatır. Filmin ana kahramanı Ayşe, ailesini geride bırakarak küçük kardeşiyle birlikte Mersin'e varır ve burada bir Türk ailesi tarafından evlat edinilir. Film, insan dramına ve bir kadının gözünden kadınlara bakarak, sırlarla dolu bir hayatın gizemlerini çözmeye çalışan Mehmet'in hikayesini de işler.