Bulmaca Kulesi'nin hikayesi, üç çocuğun (Aslı, Can ve Mert) bir kaza sonucu kendilerini Bulmaca Kulesi adında başka bir boyutta bulmaları ve burada karşılaştıkları gizemleri çözmeye çalışmaları etrafında döner. Gençler, kulenin koruyucusu Lugaz Efendi'nin sevimli robotu Lugit ile tanışır. Dev Kuş'a ve Lugit'e ulaşmak için yola çıkan çocuklar, kendilerini bulmacalarla dolu bir maceranın içinde bulurlar.