Big Hero 6: The Series'in 2. sezonunda Hiro ve ekibi, gelişmiş süper kıyafetlerle çeşitli yenilikçi kötülerle, biyomühendislik ürünü canavarlarla ve yüksek teknolojili robotlarla mücadele ediyor. Sezonda öne çıkan bazı olaylar: Karmi'nin Stajı: Hiro, Karmi'nin Sycorax'taki stajını kıskanarak Krei Tech'te staj yapmaya karar veriyor. Gıda ile İlgili Hırsızlıklar: Profesör Granville, gıda ile ilgili bir dizi hırsızlığı araştırırken Big Hero 6'ya giderek daha fazla baskı yapıyor. Orso Knox'un Gizemi: Hiro ve Fred, gizemli bir şekilde canavara dönüşen Orso Knox'un başına gelenleri öğrenmek için Karmi'den yardım istiyor. Mayoi Yaratıkları: San Fransokyo'da ortaya çıkan gizemli ve sevimli Mayoi yaratıkları, ekibin dikkatini çekiyor. Yeni Düşmanlar: Nega-Globby, El Fuego ve Major Blast gibi yeni kötü karakterler ortaya çıkıyor. Sezon, "The Present" adlı Noel özel bölümüyle başlayıp, "Legacies" adlı final bölümüyle sona eriyor.