"Bay Kleks'in Akademisi", kayıp babasının izini süren Ada Niezgódka adlı sıradan bir kızın, Bay Kleks adında eksantrik bir öğretmenin yönettiği sihirli bir okul olan Bay Kleks'in Akademisi'ne davet edilmesini konu alır 145.

Ada, bu gizemli okuldaki yerini kabul ederek bambaşka bir dünyaya adım atar 4. Akademi, çocuklara hayal gücü başta olmak üzere çeşitli eğitimler veren büyülü bir eğitim kurumudur 2. Ancak, orayı tehdit eden korkunç bir cadı ve onun kötücül ekibi sık sık huzursuzluk çıkarır 2.

Ada, Akademi'ye katıldıktan sonra benzersiz yeteneklerini geliştirir ve ailesinin en büyük sırrını çözmesine yardımcı olacak bir ipucu bulur 3.