Cüneyt Arkın, hayatı boyunca iki kez evlenmiştir. İlk evliliğini 1964 yılında sınıf arkadaşı ve kendisi gibi doktor olan Güler Mocan ile yapmış, bu evlilikten 1966 doğumlu Filiz adında bir kızı olmuştur. İkinci evliliğini ise 1970 yılında, İsviçre’de eğitim görmüş ve dönemin seçkin ailelerinden birinin kızı olan Betül Cüreklibatır ile yapmış, bu evlilikten Murat ve Kaan adında iki oğlu olmuştur.