Ahlat Ağacı, kendini gerçekleştirmeye çalışan ancak her konuda çelme yiyen, başkalaşmaya çalışırken yabancılaşan bir karakterin hikayesini anlatır. Filmin işlediği bazı temalar: Varoluş sancıları. Miras ve otorite. Türkiye portresi. Ayrıca, filmde kuyu metaforu kullanılarak, taşrada arayış ve kuşak çatışmaları işlenir.