"Ahlat Ağacı" filminin konusu, üniversiteyi yeni bitirmiş, gelecek vadeden bir yazar olan Sinan'ın, yazdığı kitabı bastırabilmek için doğduğu kasabaya dönüp gerekli parayı toplamaya çalışırken karşılaştığı zorlukları anlatır .
Sinan, kasabada yerel fonların ilgisizliğiyle karşılaşırken, babasının kumar borçları ve sorumsuz davranışlarıyla da yüzleşir . Bu süreçte, çevresindeki insanlarla dinin modern dünyadaki konumu hakkında tartışmalar yaşar ve kendini sosyal olarak izole hisseder .
Sonunda, babasının köpeğini satarak kitabını yayımlatır ve zorunlu askerlik için kasabadan ayrılır . Geri döndüğünde ise babasını aileyi terk etmiş ve köyde bir çiftlikte yaşamaya başlamış olarak bulur .