39. Dosya (Case 39), ailesinden şiddet gören 10 yaşındaki Lillith Sullivan'ı kurtaran sosyal hizmet görevlisi Emily Jenkins'in, kızın göründüğü kadar masum olmadığını anlamasını konu alır. Anne-babası Lilith'i öldürmeye çalıştığında, Emily en büyük korkusunun gerçekleştiğini fark eder ve Lilith'i yanına alarak onu korumaya karar verir. Film, doğaüstü unsurlar içeren bir korku ve gerilim filmidir.