Su deposu temizliğinde kullanılan ilaçlar üç ana kategoriye ayrılır: 1. Klor Bazlı Dezenfektanlar: Bakteri ve virüsleri öldürmek için kullanılır, ancak aşırı kullanıldığında suyun tadını etkileyebilir. 2. Enzimatik Temizleyiciler: İnsan sağlığına zarar vermeyen formülasyonları sayesinde suyun doğallığını bozmadan temizlik sağlar. 3. Oksidatif Temizleyiciler: Oksijen bazlı temizleyiciler, uygulandıkları yüzeyde kimyasal reaksiyon oluşturarak zararlı mikroorganizmaları yok eder. Ayrıca, sirke, limon suyu, soda ve doğal sabunlar gibi kimyasal olmayan temizleyiciler de kullanılabilir. Temizlik işlemlerinde kullanılacak ilaçların sağlık bakanlığı onaylı olması ve profesyonel kişiler tarafından uygulanması önemlidir.