Su deposunu en iyi temizleyen deterjanlar arasında klor bazlı dezenfektanlar ve yüzey sterilizasyon jelleri öne çıkmaktadır. Ayrıca, sirke ve hidrojen peroksit gibi doğal ve kimyasal olmayan temizleyiciler de etkili olabilir. Temizlik işlemine başlamadan önce, kullanılacak deterjanın deponun malzemesine uygun olması ve üretici firmanın talimatlarının takip edilmesi önemlidir.