Yandex ödeme sistemi, güvenlik açısından çeşitli önlemler almaktadır: 3-D Secure Teknolojisi: Yandex, 3-D Secure teknolojisi ile iki aşamalı kimlik doğrulama kullanır. Veri Koruma: Kart bilgileri, Yandex Browser'da veya Yandex sunucusunda şifreli olarak saklanır. Ancak, çevrimiçi ödeme yaparken genel güvenlik kurallarına dikkat etmek önemlidir: Ortak Wi-Fi ağlarında ödeme yapmaktan kaçınılmalıdır. Bağlantının güvenli olduğundan emin olunmalıdır. Tarayıcı koruması ve antivirüs programları etkinleştirilmelidir.