Penguen dergisinin kapanma sebepleri arasında şunlar gösterilmektedir: Şirketleşme ve yönetim değişiklikleri. Mali konular. Çalışan hakları ve iş koşulları. Muhalif içerikler. Derginin kapanma sebebi olarak gösterilen bu iddiaların doğruluğu hakkında kesin bir bilgi bulunmamaktadır.