Pamukbank, aktif-pasif vade uyumunun bozulması, öz kaynak ve likidite yetersizliği gibi finansal zorluklar nedeniyle kapandı. Bankanın kapanmasında etkili olan diğer nedenler arasında: Kendi sermayedarı olan Çukurova Holding’e yüksek miktarda kredi vermesi ve bu kredilerin geri ödenmemesi. Fiskobirlik’e verilen ve geri ödenmeyen 700 milyon dolarlık kredi. Yönetim hataları ve kötü finansal yönetim. Pamukbank, 2002 yılında Bankacılık Düzenleme ve Denetleme Kurulu'nun (BDDK) kararıyla Tasarruf Mevduatı Sigorta Fonu'na (TMSF) devredildi ve 2004 yılında Halkbank'a satıldı.