İkili İlişkiler Genel Müdürlüğü, farklı alanlarda ikili ilişkilerin yönetimi ve koordinasyonundan sorumludur. Bu müdürlüğün başlıca görevleri şunlardır: 1. Mutabakat zaptı, işbirliği anlaşması ve protokollerin hazırlanması: Dışişleri Bakanlığı ile koordineli olarak bu belgelerin hazırlanması, imzalanması ve uygulanması işlemlerini sağlamak. 2. Protokollerin takibi: Bakanlığı ilgilendiren konularda yürürlükte olan protokollerin uygulanmasında takipçi ve yönlendirici olmak. 3. Uluslararası projelerin koordinasyonu: Uluslararası finansal kuruluşlar ile ilişkilerin ve müzakerelerin yürütülmesini koordine etmek. 4. İkili teknik ve ekonomik işbirliği: Bakanlık ile ilgili hususlarda öneriler geliştirmek ve anlaşmalarda yer alan hususların uygulanması için gerekli görüşleri hazırlamak. 5. Karma Ekonomik Komisyonu ve Yüksek Düzeyli İşbirliği Konseyi toplantılarının koordinasyonu: Bu toplantılara ilişkin Bakanlık içinde ve dışında eşgüdüm, irtibat ve koordinasyon işlemlerini sağlamak.