Flo, e-Fatura sistemini kullanmaktadır. Flo'nun e-Fatura işlemleri için çeşitli entegrasyon çözümleri bulunmaktadır, bunlar arasında: Flo Entegrasyon Sistemi; Yengeç Entegrasyonu; BirFatura Entegrasyonu. Bu sistemler, siparişlerin muhasebeleştirilmesi, faturalandırılması ve müşterilere iletilmesi süreçlerini yönetmektedir.