Ziya Selçuk'un istifa etmesinin temel nedenleri arasında, Cumhurbaşkanlığı Eğitim ve Öğretim Politikaları Kurulu'nun müdahalelerinin artması ve son dönemde alınan eğitim kararlarının bu kurulun görüşleri üzerine şekillenmesi yer almaktadır. Ayrıca, Selçuk'un uzaktan eğitim süreci ve okulların açılması konularında da gerilim yaşadığı ve bu durumun istifasını hızlandırdığı iddia edilmektedir.