Separation filminin konusu, 8 yaşındaki Jenny'nin, avukat annesi Maggie ve ressam babası Jeff'in kavgalı ilişkileri arasında kalması ve annesinin trajik bir şekilde ölmesiyle yeni bir yaşam kurmaya çalışmasıdır. Jenny, babasının eserlerine dayanan "Grisly Kin" adlı kuklalarla çevrili yalnız ama yaratıcı bir yaşam sürmektedir.