Sao Tome ve Principe'de hakim din Hristiyanlıktır . Nüfusun %80'i Katolik mezhebine mensuptur . Ayrıca, %10'luk bir kesim Adventist inancına, geri kalan kısım ise farklı dinlere göre yaşamaktadır .
Ülkede az sayıda Müslüman da yaşamaktadır . 2025 yılı itibarıyla, Müslümanların oranı nüfusun yaklaşık %3'ünü oluşturmaktadır .