Mezopotamya Ajansı'nın sahibi hakkında bilgi bulunamadı. Ancak, ajansın genel merkezinin İstanbul, Beyoğlu'nda bulunduğu ve Kürt haber ajansı olarak faaliyet gösterdiği bilinmektedir .
Ajans, 20 Eylül 2017 tarihinde birçok Kürt yanlısı gazete ve haber ajansının kapatılmasının ardından kurulmuştur .