"Kutsal Gizemler" filmi, büyük çoğunluğu hiçbir yerde anlatılmamış akıl almaz mucizeleri ve Hz. Muhammed ve Hz. İsa hakkındaki gizemleri bilimsel ispatlarla ele almaktadır .
Filmde ayrıca canlandırmalar kullanılarak tarihe ışık tutulmakta ve dini ve milleti inciten ifadelerin yer almaması için senaryonun Diyanet İşleri Başkanlığı'ndan onay alması planlanmaktadır .