İskenderun Deniz Üssü, Türk Deniz Kuvvetleri'ne ait olup, deniz operasyonlarının eğitimi ve yürütülmesi gibi faaliyetlerde bulunur. Üsün görevleri arasında: - Deniz Er Eğitim Alayı: Yılda iki kez, 2.500 ila 5.000 asker arasında deniz operasyonları için eğitim vermek. - Savunma faaliyetleri: Güney Deniz Saha Komutanlığı'na bağlı olarak çalışmak. - Müze: İskenderun şehir merkezinde, Osmanlı ve Türk donanmasına ait eserlerin sergilendiği bir deniz müzesine ev sahipliği yapmak.