İskenderun'da bir tane liman başkanlığı bulunmaktadır. Bu liman başkanlığı, İskenderun Liman Başkanlığı'dır ve adresi Çay Mah. 5 Temmuz Cad. No:43 İskenderun / Hatay'dır .
İskenderun'da ayrıca çeşitli liman tesisleri ve limanlar da bulunmaktadır, ancak bunlar liman başkanlığı olarak kabul edilmemektedir. Örneğin, Limak Port, Denbirport gibi tesisler liman işletmesi olarak faaliyet göstermektedir .