İzomer, aynı kimyasal bileşime sahip olup, atomları arasındaki bağlantı yapıları farklı olan moleküllerdir. İzomer terimi, Eski Yunanca'da "eşit" anlamına gelen "isos" ve "parça" anlamına gelen "meros" sözcüklerinin birleşiminden türetilmiştir. İzomerler, yapı izomerleri ve stereoizomerler olarak ikiye ayrılır. Yapı izomerleri, aynı molekül formülüne sahip, ancak atomlarının bağlanma düzeni farklı olan bileşiklerdir. Stereoizomerler, moleküllerin uzaydaki yerleşimlerine göre farklılık gösteren izomerlerdir. İzomerlerin kullanıldığı enzimlere ise izomeraz denir.