Yunus Emre Üniversitesi'nin iyi bir üniversite olup olmadığına dair kesin bir yargı yapmak mümkün değildir. Ancak, Yunus Emre ile ilgili çalışmaların artırılması ve yeni bir üniversite kurulması gerektiği, özellikle Yunus Emre'nin düşünce dünyasını merkez alan yayımlar ve programlar yapmasının önemli olduğu belirtilmektedir 4.

Türkiye'deki üniversitelerin genel değerlendirmesini yapan bazı kaynaklar, en iyi üniversiteler arasında Yunus Emre Üniversitesi'nden bahsetmemektedir. Örneğin, Memurlar.Net sitesinde Türkiye'nin en iyi 20 üniversitesi listesinde Yunus Emre Üniversitesi yer almamaktadır 3.

Üniversitenin iyi olup olmadığını değerlendirmek için akademik başarı, öğretim üyesi başına düşen makale sayısı, uluslararası ve yurtiçi ortak yayınlar, TÜBİTAK destekli proje sayıları gibi çeşitli akademik göstergelerin incelenmesi gerekmektedir 3.