Mikroskobide çeşitli filtreler kullanılır: 1. Mavi, yeşil veya mat filtreler: Kondansatörün altında bulunan bu filtreler, ışık kaynağından gelen ışınları süzerek iyi bir görüntü sağlar. 2. Eksitasyon filtreleri: Aydınlatma kaynağının dalga boyunu ve kromatiğini düzenler. 3. Emülsiyon filtreleri: Örnekten yayılan floresanı bir araya toplar ve uzaktan yansıyan ışığın belirlenmesini sağlar. Ayrıca, opak filtreler de kullanılarak gözü ultraviyole ışınlarından korumak mümkün olur.