Uluslararası Atatürk-Alatoo Üniversitesi'nden alınan diplomalara denklik verilmemektedir. Yükseköğretim Kurulu (YÖK), FETÖ/PDY bağlantısı nedeniyle bu üniversiteyi kara listeye almıştır .
2016 yılında yaşanan darbe girişiminin ardından üniversite, adını Ala-Too Uluslararası Üniversitesi olarak değiştirmiş ve yerel bir kurum olarak yeniden yapılandırılmıştır . Ancak, bu değişiklik YÖK'ün tanıma kararını etkilememiştir.