JLPT sınavının zorluğu, girilen seviyeye göre değişiklik gösterebilir. Sınav, en kolay seviye N5'ten en zor seviye N1'e kadar beş seviyeden oluşur. Bazı seviyelerin zorlukları: N2 ve N3 seviyeleri, özellikle zaman açısından zorlayıcı olabilir; okuma ve dinleme bölümleri için süre yetersiz kalabilir. N1 seviyesi, Japoncayı çeşitli durumlarda anlama yeteneği gerektirdiği için daha zor olarak değerlendirilir. Genel olarak, sınavın zorluğundan ziyade, hazırlık eksikliği ve süre kısıtlaması gibi faktörlerin başarıyı etkileyebileceği belirtilmektedir.