TÜBİTAK'a sunulan projeler, bilimsel ve teknik nitelik, yenilikçilik, metodoloji, planlama ve bütçe gibi kriterlere göre değerlendirilir. Değerlendirme süreci şu aşamalardan oluşur: 1. Uygunluk İncelemesi: Başvuru sahibinin projeye uygunluk kriterlerini sağladığına bakılır. 2. Bilimsel ve Teknik Değerlendirme: Projenin orijinalliği, yenilikçi özellikleri, uygulama alanı, metodolojilerin geçerliliği ve araştırma planının başarısı değerlendirilir. 3. Panel Değerlendirmesi: İlgili alanlarda deneyimli akademisyenler ve sektör uzmanlarından oluşan bir panel tarafından proje belirli kriterlere göre puanlanır. 4. Proje Performansının İzlenmesi: Proje, başlangıcından sonuçlandırılmasına kadar belirli aralıklarla izlenir ve denetlenir. Değerlendirme sürecinde ayrıca, projenin toplumsal faydası, ekip yeterliliği, bütçe yönetimi ve proje süresi gibi unsurlar da dikkate alınır.