Karbondioksit, sindirim sisteminde sindirilmez. Sindirim süreci, besinlerin parçalanması ve emilimiyle ilgilidir ve karbondioksit bu süreçte yer almaz. Karbondioksit, solunum sistemi aracılığıyla vücuttan atılır. Sindirim süreci, ağız, yemek borusu, mide, ince bağırsak ve kalın bağırsak gibi organlarda gerçekleşir. Karbondioksit, solunum sırasında akciğerlerde gaz değişimi sırasında üretilir ve solunum sistemi tarafından dışarı atılır.