Selçuk Üniversitesi'nde bulunan bazı enstitüler ve bu enstitülere bağlı bölümler şunlardır: Eğitim Bilimleri Enstitüsü: Eğitim Bilimleri Bölümü. Fen Bilimleri Enstitüsü: Aktüerya Bilimleri, Biyokimya, Biyoloji, Biyoteknoloji, Fizik, İstatistik, Kimya, Matematik. Mevlana Araştırmaları Enstitüsü. Sağlık Bilimleri Enstitüsü: Acil Yardım ve Afet Yönetimi, Beslenme ve Diyetetik, Çocuk Gelişimi, Dil ve Konuşma Terapisi, Ebelik, Fizyoterapi ve Rehabilitasyon, Gerontoloji, Odyoloji, Sağlık Yönetimi, Sosyal Hizmet. Sosyal Bilimler Enstitüsü: Türk Dili ve Edebiyatı, Tarih, Sosyoloji, Sosyal Hizmetler, Sınıf Öğretmenliği, Sanat Tarihi, Rus Dili ve Edebiyatı, Rekreasyon, Reklamcılık, Rehberlik ve Psikolojik Danışmanlık, Radyo, Sinema ve Televizyon, Psikoloji, Peyzaj Mimarlığı, Organik Tarım İşletmeciliği, Odyoloji, Mekatronik Mühendisliği, Makine Mühendisliği, Kimya, Karşılaştırmalı Edebiyat, İstatistik ve Bilgisayar Bilimleri. Selçuklu Araştırmaları Enstitüsü. Selçuk Üniversitesi'nde ayrıca Diş Hekimliği, Eczacılık, Edebiyat, Güzel Sanatlar, Hukuk, İktisadi ve İdari Bilimler, İletişim, İslami İlimler, Mimarlık ve Tasarım, Sağlık Bilimleri, Spor Bilimleri, Teknoloji, Tıp, Turizm ve Veteriner Fakültesi gibi fakülteler de bulunmaktadır.