Santorini'nin sonu, M.Ö. 1500'lü yıllarda meydana gelen büyük bir volkanik patlama ile gelmiştir. Bu patlama sonucunda: 1. Akrotiri antik kenti volkanik küllerin altında kalmış ve terk edilmiştir. 2. Geniş alanlara yayılan küller nedeniyle Karadeniz ve Akdeniz'in doğu sahillerine kadar ulaşan bir yıkım yaşanmıştır. 3. 30-40 metre yüksekliğinde tsunamiler oluşmuş, bu dalgalar Santorini'nin yaklaşık 110 km güneyindeki Girit Adası'nda ağır hasarlara yol açmıştır. Bu doğa olayı, Minos uygarlığının sona ermesine de katkıda bulunmuştur.