Santorini Yanardağı'nın patlamasına kesin bir neden gösterilememekle birlikte, jeolojik kanıtlar yanardağın zaman içinde sayısız kez patladığını ortaya koymaktadır. Patlamanın tetikleyicileri arasında su altı fay hareketleri ve volkanik faaliyetler bulunmaktadır.