Sakarya Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü (FBE), çeşitli alanlarda lisansüstü eğitim ve araştırma faaliyetleri yürütmektedir. FBE'nin başlıca görevleri: Bilimsel araştırmalar yapmak ve bu araştırmaların sonuçlarını akademik, endüstriyel ve toplumsal alanlarda uygulamak. Disiplinler arası bir perspektifle çalışarak yenilikçi projeler geliştirmek. Öğrencilere yüksek lisans ve doktora programlarında uluslararası düzeyde rekabet edebilecek bilgi ve beceriler kazandırmak. Modern araştırma laboratuvarları ve teknik altyapı ile uygulamalı eğitimler sunmak. Ulusal ve uluslararası iş birlikleri ile bilgi paylaşımını teşvik etmek. Bilimsel bilgiyi halkla buluşturarak toplumun bilim olaylarına duyarlılığını artırmak.