Daha iyi görüntü veren mikroskop, kullanım amacına ve incelenecek numunenin özelliklerine bağlı olarak değişiklik gösterebilir. Bazı mikroskop türlerinin görüntü kaliteleri şu şekildedir: Işık (bileşik) mikroskobu: 0,2 µm çözünürlük sınırına sahiptir. Elektron mikroskobu: 1-2 nm çözünürlük sınırına sahiptir. Floresan mikroskobu: UV ışık kaynağı sayesinde belirli moleküllerin ışık yaymasını sağlayarak daha önce görülmeyen ayrıntıların açığa çıkmasına yardımcı olur. Stereo mikroskop: Düşük büyütme oranlarında (20x ile 80x) yüksek çözünürlük sağlar. Mikroskop seçerken dikkat edilmesi gereken bazı özellikler: Büyütme kapasitesi. Çözünürlük kalitesi. Kullanım alanı.