Evet, MSÜ mezunları doktora yapabilirler. MSÜ bünyesinde bulunan Tıp Fakültesi'nden mezun olanlar, askeri doktor olarak görev yaptıktan sonra doktora programlarına başvurabilirler. Doktora programlarına kabul için gerekli şartlar arasında tezli yüksek lisans diplomasına sahip olmak ve Yükseköğretim Kurulu tarafından kabul edilen merkezî lisansüstü eğitime giriş sınavından belirli bir puanı almak yer almaktadır.