Bazı mikroskop çeşitleri: Işık Mikroskobu: Genel kullanım için uygundur, büyütme kapasitesi 1000-3000 kat arasındadır. Karanlık Saha Mikroskobu: Özellikle spiroketlerin incelenmesinde kullanılır. Floresans Mikroskobu: Hücre bölümlerinin incelenmesi ve işaretlenmesi için kullanılır. Faz-Kontrast Mikroskobu: Canlı mikroorganizmaların boyama yapmadan incelenmesini sağlar. Elektron Mikroskobu: Aydınlatma kaynağı olarak elektron kullanır, büyütme ve çözünürlük oranı daha yüksektir. Ayrıca, stereoskopik mikroskoplar, interferens mikroskobu, metalurji mikroskobu, konfokal mikroskop ve diseksiyon mikroskobu gibi farklı türler de bulunmaktadır.