Mersin Üniversitesi, çeşitli kriterlere göre iyi bir üniversite olarak değerlendirilmektedir. YÖK'ün 2024 Üniversite İzleme ve Değerlendirme Genel Raporu'na göre, Mersin Üniversitesi dört kategoride Türkiye'nin en iyi üniversiteleri arasında yer almıştır. Bu kategoriler: eğitim ve öğretim, uluslararasılaşma, sürdürülebilirlik ve topluma hizmet ve sosyal sorumluluktur. Edurank sitesine göre, Mersin Üniversitesi, dünya genelinde 2025 sıralamasında 36. sırada yer alarak Türkiye'nin en iyi 3. üniversitesi olmuştur. Times Higher Education (THE) Etki Sıralaması 2024 sonuçlarına göre, Mersin Üniversitesi, Birleşmiş Milletler Sürdürülebilir Kalkınma Hedefleri'ne sağladığı katkılarla dünya genelinde 801-1000 bandında yer almıştır.