Mekatronik mühendisliğinin en zor dersi olarak genellikle Teknik Resim, Mekatronik Tasarım ve Endüstriyel Programlama dersleri gösterilmektedir. Ayrıca, Diferansiyel Denklemler, Sayısal Elektronik, Güç Elektroniği ve Sürücüler, Sistem Dinamiği ve Modelleme gibi dersler de zor olarak değerlendirilmektedir. Derslerin zorluğu, kişisel yeteneklere ve eğitim kurumuna göre değişiklik gösterebilir.