İstanbul Medipol Üniversitesi'nin en büyük kampüsü, Bağcılar'da bulunan Medipol Mega Üniversite Hastanesi (Bağcılar Yerleşkesi)'dir. Bu yerleşke, 470 yatak kapasitesi, 133 yoğun bakım ünitesi, 246 poliklinik odası ve 25 ameliyathanesi ile dikkat çekmektedir.