Ortaöğretimde bulunan bazı genel müdürlükler: Ortaöğretim Genel Müdürlüğü. Mesleki ve Teknik Eğitim Genel Müdürlüğü. Özel Eğitim ve Rehberlik Hizmetleri Genel Müdürlüğü. Ayrıca, Temel Eğitim Genel Müdürlüğü ve Din Öğretimi Genel Müdürlüğü gibi diğer genel müdürlükler de ortaöğretim alanında hizmet vermektedir. Her bir genel müdürlüğün görevleri arasında politika geliştirme, eğitim materyallerinin hazırlanması, proje faaliyetleri ve öğrenci işleri gibi alanlar bulunmaktadır.