Manhattan Projesi, 1942'den 1946'ya kadar ABD Ordusu Mühendisler Birliği'nden Tümgeneral Leslie Groves tarafından yönetilmiştir. Projenin bilimsel yönünü ise nükleer fizikçi J. Robert Oppenheimer, Los Alamos Laboratuvarı'nın yöneticisi olarak üstlenmiştir.