Koç Üniversitesi'nde farklı kampüslerde çeşitli bölümler bulunmaktadır: 1. Rumelifeneri Kampüsü: Üniversitenin ana kampüsü olup, burada Fen Fakültesi, İnsani Bilimler ve Edebiyat Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Hukuk Fakültesi, Mühendislik Fakültesi ve Tıp Fakültesi gibi bölümler yer almaktadır. 2. Batı Kampüsü: Rumelifeneri Kampüsü'ne oldukça yakın bir mesafede yer alır ve idari birimlere ev sahipliği yapar. 3. İstinye Kampüsü: Koç Üniversitesi Hastanesi'nin bulunduğu bu kampüste Sağlık Bilimleri Fakültesi ve klinik eğitimler sunulmaktadır. 4. Beyoğlu Kampüsü (ANAMED): Anadolu Medeniyetleri Araştırma Merkezi olarak hizmet verir ve akademik araştırmalar yapılır.