Karadeniz, yaklaşık 9.300 yıl önce oluşmuştur. Buzul Çağı'nın sona ermesiyle birlikte deniz seviyeleri yükselmeye başlamış ve yaklaşık 12 bin yıl önce Akdeniz’in tuzlu suları, İstanbul Boğazı’nı aşarak Karadeniz’e ulaşmıştır. Amerikalı deniz jeologları William Ryan ve Walter Pitman ise Buz Çağı'nın ertesinde Akdeniz'in sularının 150 metre daha alçak olan Karadeniz'e boğaziçi setini yıkarak birdenbire dolarak Karadeniz Tufanı adı verilen sel baskınına sebep olduğunu iddia etmiştir. Bazı teorilere göre bu olay, efsanevi "Nuh Tufanı" hikayesine bile ilham vermiş olabilir.