Milli Savunma Üniversitesi'ne bağlı harp okullarında yer alan bazı bölümler şunlardır: Kara Harp Okulu (KHO): Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği; Makine Mühendisliği; İnşaat Mühendisliği; Bilgisayar Mühendisliği; Savunma Yönetimi; Uluslararası İlişkiler; Tarih. Hava Harp Okulu (HHO): Elektronik Mühendisliği; Endüstri Mühendisliği; Bilgisayar Mühendisliği; Havacılık ve Uzay Mühendisliği. Deniz Harp Okulu (DHO): Endüstri Mühendisliği; Makine Mühendisliği; Gemi İnşaatı ve Gemi Makineleri Mühendisliği; Bilgisayar Mühendisliği; Elektrik-Elektronik Mühendisliği. Milli Savunma Üniversitesi'nde ayrıca Kara Astsubay Meslek Yüksekokulu, Deniz Astsubay Meslek Yüksekokulu, Hava Astsubay Meslek Yüksekokulu ve Bando Astsubay Meslek Yüksekokulu gibi okullar da bulunmaktadır.