Japonya'nın iki başkente sahip olmasının nedeni, tarih boyunca farklı dönemlerde farklı şehirlerin yönetim merkezi olarak hizmet etmesidir. Örneğin, Heian dönemi (794-1185) boyunca, Heian-kyo (günümüzde Kyoto) Japonya'nın en büyük şehri ve başkenti olmuştur. Ayrıca, Kamakura Shogunate (1185-1333) döneminde, yönetim merkezi Kyoto'dan Kamakura'ya taşınmıştır. Günümüzde ise Japonya'nın başkenti Tokyo'dur.