İstinye Üniversitesi'nde aşağıdaki fakültelerde çeşitli bölümler bulunmaktadır: 1. Diş Hekimliği Fakültesi: Diş Hekimliği. 2. Eczacılık Fakültesi: Eczacılık. 3. Güzel Sanatlar, Tasarım ve Mimarlık Fakültesi: Dijital Oyun Tasarımı, Gastronomi ve Mutfak Sanatları, İç Mimarlık ve Çevre Tasarımı, Mimarlık. 4. İletişim Fakültesi: Görsel İletişim Tasarımı, Halkla İlişkiler ve Reklamcılık, Radyo, Televizyon ve Sinema, Yeni Medya ve İletişim. 5. İktisadi, İdari ve Sosyal Bilimler Fakültesi: Ekonomi, İşletme, Siyaset Bilimi ve Kamu Yönetimi, Sağlık Yönetimi, Uluslararası İlişkiler, Uluslararası Ticaret ve İşletmecilik, Yönetim Bilişim Sistemleri. 6. Sağlık Bilimleri Fakültesi: Beslenme ve Diyetetik, Çocuk Gelişimi, Dil ve Konuşma Terapisi, Ebelik, Fizyoterapi ve Rehabilitasyon, Hemşirelik. 7. Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi: Bilgisayar Mühendisliği, Biyomedikal Mühendisliği, Elektrik-Elektronik Mühendisliği, Endüstri Mühendisliği, Kimya, Makine Mühendisliği, Matematik, Moleküler Biyoloji ve Genetik, Yazılım Mühendisliği. Ayrıca, Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ve Meslek Yüksekokulu da mevcuttur.