İstanbul İslam Bilim ve Teknoloji Tarihi Müzesi'nde on iki bölüm bulunmaktadır :
- Astronomi ;
- Saat ve Denizcilik ;
- Savaş Teknolojisi ;
- Tıp ;
- Madencilik ;
- Fizik ;
- Matematik ve Geometri ;
- Mimari ve Şehircilik ;
- Kimya ve Optik ;
- Coğrafya ;
- İbn-i Sina Botanik Bahçesi ;
- Sinevizyon Salonu .